当中国派兵之先，丁汝昌先期遣济远舰率扬威驶至仁川口，与平远合为一小队，以观形势。

及至叶，聂两统领率军赴朝时，以超勇舰护之。

又恐其力量单薄，又分扬威赴牙山，留济远、平远两舰泊仁川口。

当时，日本运兵船络绎而至，大和、筑紫、赤城三舰亦泊仁川口，井派遣汽艇探测牙山湾，显然居心叵测。

而李鸿章却要袁世凯劝告朝鲜政府；&ldo;日与华争体面，兵来非战，切毋惊扰。

迭阻不听，即听之。

速设法除全匪；全复，华兵去，日自息。

如有要挟，仍可坚持不许。

&rdo;注20

六月十二日，根据李鸿章的指示，叶志超委派聂土成为前敌营务处，负责剿办事宜，本人则暂驻牙山以待命。

但是，聂军并没有同东学党起义军直接交仗。

聂士成只是派弁兵一百人，随带翻译，持告示前往全州招抚。

告示共三种：其一，晓谕起义军解散。

其中有&ldo;尔国王发电告急，我中朝爱恤属国，不忍坐视不救，奉谕钦差北洋大臣李奏派本统领率带马步枪炮大队前来助剿。

特念尔等本属良善……大兵到日，尔等能悔罪投诚，洗心革面，均予免杀&rdo;注21等语。

其二，&ldo;谕示商民各安其业，毋得惊恐&rdo;。

其三，申明军纪。

有&ldo;奉宪檄饬，防营远征，保护藩属，护卫商民，自行军旅，纪律严明。

今入朝鲜，军令重申，购买物件，照给钱文。

如有骚扰，或犯别情，军法从事．决不稍轻&rdo;等语。

注22这三种告示被日本间谍送报日本驻朝公使馆。

不久，&ldo;汉城饬弁持倭使大鸟圭介来咨，诘问前日所出告示是否真伪&rdo;。

注23果然，后来大鸟圭介便就聂士成告示中&ldo;我中朝爱恤属国&rdo;、&ldo;保护藩属&rdo;的语句大作起文章来了。

其实，聂士成派人招抚起义军之日，正是起义军退出全州之时。

先是东学党起义军攻陷全州后，两湖招讨使洪启薰又返军攻城，因起义军防守严密，久难攻下。

朝王一面处分引起事件的责任者，将全罗道观察使金文铉革职，流配济州岛，并将古阜郡守赵秉甲革职，系械监禁；一面急发最后的精锐江华枪炮队四百及京城、平壤监营兵二千增援，并命严世永任三南注24招抚使，同新任全罗道观察使金鹤镇赴任，与洪启薰协力从事。

从派&ldo;招讨使&rdo;到再派&ldo;招抚使&rdo;，说明朝鲜政府对东学党起义军的政策巳由&ldo;主剿&rdo;转为&ldo;主抚&rdo;了。

严世永抵达全州后，先布告朝王处罚负此次事件责任的地方官吏，以缓和起义军的敌对情绪，继之以劝谕，表示政府愿意妥商解决此事。

此时，全琫准已获悉中日两国出兵的消息。

在这种情况下，严世永代表朝鲜政府接受了起义军提出下列十二条件，于六月十一日共同签订了休战协定，即所谓《全州和约》：

一，停止迫害起义者和东学道徒，政府与东学党人合力维持社会秩序。

二，查明贪官污吏的罪行，加以严惩。

三、严惩横暴富豪。

四，严惩不良儒林两班。

五、烧毁奴婢文书。

六，改善七种贱民待遇，不得强制白丁（原注：屠户卖肉者）戴平壤笠。

七、许青年寡妇再嫁。

八、废除一切扰民的苛捐杂税。