6月　　　移驻楚雄，处理姚州汉回互斗案。

7月　　　返回昆明。

以办理云南&ldo;回务&rdo;有功，得旨加太子太保，并赏花翎。

12月　　　道光帝谕令云南、贵州、广西、四川等省督抚，设法开采银矿，增辟银源。

本年饬令地方官府镇压了云州、缅宁、顺宁、永平、邓川州等地各族人民起义或反抗斗争。

1849年　65岁

在云贵总督任上。

春　　　整顿云南矿厂，主张&ldo;招集商民，听其朋资伙办　&rdo;。

开采银矿。

整顿铜政。

维护&ldo;放本收铜&rdo;政策。

6月　　　云南腾越厅卡外少数民族起义，饬令迤西官兵镇压。

7月　　　因病请假治疗。

8月　　　以病情加剧，奏请开缺回乡讲治。

9月　　　道光帝下旨准予病免。

10月　　　扶病东归。

1850年　66岁

2月　　　归途至江西南昌，暂寓百花洲养病。

25日　　　道光帝死，奕詝继位，改明号为咸丰元年。

4月　　　返抵福州、寓文藻山宅所。

5月　　　咸丰帝下诏求贤，潘世恩、孙瑞珍，杜受田先后上疏荐林则徐，穆彰阿阻挠。

6‐10月　　　联合福州市民，反对英人入城。

整理旧稿，辑《云左山房诗钞》等。

作《消暑随笔跋》、《重修福清文庙碑记》，瞩刘存仁校勘《西北水利》。

10月　　　咸丰帝下旨命林则徐为钦差大臣，驰驿前赴广西。

11月5日　　　奉旨为钦差大臣，带病从福州启程，前往广西镇压天地会起义。

11月16日　　　至广东潮州，病情恶化吐泻不止。

22日　　　死于普宁县行馆。

12月　　　咸丰帝下诏晋赠林则徐太子太傅，照总督例赐恤，任内一切处分，悉予开复。