希腊军民的胜利严重挫伤了土军的士气，士兵害怕送命，拒绝参战，土军陷入一片混乱。

然而，希腊起义军领导集团内部发生分裂，军政首脑忙于权力之争，贻误了有利战机。

起义军未能乘土军混乱之际，扩大战果，解放中、北部地区，以赢得独立战争的胜利。

1824年4月，希腊召开第二届国民议会，科罗克特洛尼斯被解除总司令职务。

以科为代表的&ldo;民主派&rdo;不服，拒绝承认政府。

希腊出现两个政府并存的局面。

伯罗奔尼撒的封建势力乘机联合&ldo;民主派&rdo;，反对&ldo;亲欧派&rdo;。

经过两次激烈的武装冲突，&ldo;民主派&rdo;遭失败，科罗克特洛尼斯本人被捕。

希腊内部战争结束，起义军力量蒙受重大损失。

1824年7月，土耳其统治者与其藩臣埃及统治者签订协定，共同镇压希腊人民起义。

1825年2月，埃及陆海军9万大军在伯罗奔尼撒半岛南部登陆。

希腊军队虽英勇抵抗，仍未能阻挡埃军的进攻。

希腊政府迫于社会舆论压力，释放科罗克特洛尼斯，再次委任其为总司令，但是，战局已难扭转，埃军占领特里波利斯及半岛绝大部分地区。

1825年5月，土埃军近4万人联合围攻希腊西部重镇‐‐米索隆基市。

经11个月的围攻和封锁，守城军民顽强战斗，宁死不屈。

1826年4月22日，守城军民英勇突围，仅有300多居民生还。

1827年6月，科林斯地区以北的希腊国土落入土耳其军之手。

自由希腊仅保留伯罗奔尼撒一部分国土和爱琴海上的若干岛屿。

但是希腊人民的斗争并没有结束。

战争第三阶段（1827‐1829年），战争国际化。

由于希腊独立战争曲折的发展历程，世界舆论加大，对欧洲大国利益的影响加深，促使俄、英、法等国的关注，尤其是沙俄政府。

早在1825年，俄国政府为巩固俄在巴尔干半岛的势力，就认为必须支援希腊人的独立战争。

俄国一旦占领达达尼尔海峡和博斯普鲁斯海峡，无论在贸易和政治方面，无疑都是对英国实力的一个沉重打击。

英国政府是绝对不会同意的，也不愿意让俄国单独进行干预。

于是，英国先与俄国达成某些让步，以此牵制俄国的行动。

1826年4月4日，两国在彼得堡签订关于联合调处希土停战和希向土纳贡获取自治的议定书。

议定书规定，英俄两国都不在希腊谋取特权。

面对国际环境的变化和国内斗争的严峻形势，希腊政府内部两派斗争暂时缓解。

1827年4月，在特莱辛召开第三届国民议会，各派达成妥协，一致选举卡波狄斯特里亚为总统。