18日下午，驻扎在衢县的军政部第四防疫分队接到报告：&ldo;县城内罗汉井一带自12日以来，患急症死亡者七八人，不知是否疫病流行？&rdo;该分队长齐树功当即派检验员马子良赴死者家中调查。

据马报告：&ldo;死者生前多患头痛、畏寒、发热、呕吐，三四日即死。

因患者已身故，无法检验。

&rdo;衢县卫生院于20日上午也接到了疑似疫情报告，当天该院院长张秉权和一林姓医生诊治患者数人，发现均有头痛、面红、发热、胸闷、呕吐及鼠蹊淋巴腺肿大等症状，诊断为&ldo;腺鼠疫&rdo;。

另外听说当地开业医师汪洋也收治过类似的病人，张院长及齐分队长立即前往调查，汪洋说：&ldo;近来其实给四五个人看过病，由于症状不太明显，又没有细菌检验设备，因此不能确诊为鼠疫。

但今天早晨有一患者名叫许立志，症状较为显著，颇似腺鼠疫，不过不知道他住在什么地方。

&rdo;后来防疫队检验员马子良在小狮子巷16号找到许立志，他那年才16岁，于11月19日突然发寒颤、头痛、发热，继则四肢略感僵直，且发呓语，舌有白苔，眼红，腹股间淋巴腺肿胀疼痛。

于是在腺肿处抽出少许液体做涂片检验，发现鼠疫杆菌。

11月30日，福建省卫生处防疫专员柯主光到衢县协助防治，当日检验患者蔡金初死亡，在死后1小时，对其淋巴腺肿穿刺液涂抹片镜检，并进行细菌培养和动物接种等，结果均呈现阳性，毫无疑问可以确诊为腺鼠疫。

此次衢县发生鼠疫，最先染疫者数人，系经开业医师汪洋诊治。

遗憾的是汪洋并没有认为是鼠疫，所以没向当地防疫机关报告，直至18日军政部第4防疫分队调查后，才确定衢县发生了鼠疫。

20日该县卫生院进行调查，在死亡病例中发现疑似鼠疫患者6人，均系柴家巷罗汉井及水亭街一带的居民。

其第一个病例为8岁女孩吴士英，于11月12日发病，15日死亡。

其余5例于17日死亡3人，19日1人，20日1人。

自11月20日至12月1日（除11月27日外），每日均有1～2人死亡，最后1例系于12月5日发现，7日死亡。

从11月12日至12月5日共24天，先后发现鼠疫患者共21人，全部死亡。

浙江省政府和国民党重庆政府接到报告后，立即下令封闭衢州火车站，并调集各处防疫机构赶赴衢县。

主要做了以下工作：1拆除室内地板、天花板，堵塞鼠洞鼠道，进行灭鼠。

2设置隔离病院，专门收治鼠疫病人，防止疫情蔓延。

3开展预防接种，加强鼠疫专案报告。

4加强宣传教育，举办鼠疫防治专业培训班，对浙江、福建、江西等省的有关医务人员进行培训。

1941年2月上旬，城区天皇巷又发生腺鼠疫流行，病例逐日增多，至5月达高峰，6月以后渐缓，直到12月份始告终息。

这次共发病281例，死亡274例。

在城区鼠疫流行时，由于没有及时对人员流动进行控制，鼠疫病又传播至县城西郊的古铜塔和姜家山等地。