正当教皇与权力不断增强的法国国王发生冲突时，支持教皇的势力进一步下降。

皇帝弗里德里希二世在位时，日耳曼已经陷入分裂，法国国王开始扮演教皇的保护者、扶持者和竞争者的角色，此前这都是由霍亨索伦家族承担的。

几代教皇都实行了支持法兰西君主的政策。

在教皇的支持和赞成下，法国的王侯们在西西里及那不勒斯建立了王国，法兰西国王们看到了复兴和统治查理曼帝国的可能。

然而，霍亨斯陶芬王朝的最后一位皇帝‐‐弗里德里希二世死后，日耳曼出现了权力真空，直到哈布斯堡家族的鲁道夫被选为第一位哈布斯堡王朝的皇帝（1273年），罗马的政策开始按照各位教皇的喜好，在法兰西和日耳曼之间摇摆。

在东方，希腊人于1261年从拉丁皇帝手中夺回了君士坦丁堡。

新的希腊王朝的创立者迈克尔&iddot;佩罗加斯，即迈克尔八世，在几次和教皇假意的暂时性的和解之后，和罗马教会完全脱离；由此，再加上亚洲拉丁王国的衰亡，教皇在东方的统治结束了。

1294年，博尼法斯八世成为教皇。

他是一个意大利人，仇视法兰西人，充满了罗马伟大传统的意识和使命感。

他曾经独断一时。

1300年，他组织一个大庆典，大批朝圣者来到罗马。

&ldo;流入教皇财库的金钱是如此之多，以至于两个助手不得不用耙子来收拾圣彼得墓上堆积的奉献物。

&rdo;不但这次盛会只不过是表面上的胜利。

1302年，博尼法斯与法国国王发生了冲突。

1303年，正当他要宣布解除法国国王的教籍时，出乎意料的在阿纳尼他自己祖先的宫殿中，被纪克姆&iddot;德&iddot;诺加雷逮捕了。

这个法国国王的使者闯入宫殿，直冲到受惊的教皇的卧室里，‐‐他正手持十字架躺在床上‐‐大肆威胁、侮辱他。

一两天后，教皇才被市民释放，回到罗马。

在那里他被阿尔斯尼家族逮捕，并再一次被拘禁起来，几星期后，这个受惊、失望的老人，像个犯人一样死在了他们的手中。

阿纳尼的人民确实对第一次的暴行不满，他们群起反抗诺加雷，救出了博尼法斯，但那是因为阿纳尼是教皇的故乡。

值得注意的很重要的一点是，法国国王这次粗暴对待基督教世界领袖的行为是得到了人民完全的支持的。

在采取行动前，他曾召集三级会议（贵族、教会、平民），得到了他们的一致同意。

无论是意大利还是日耳曼和英格兰，无不赞成这次对教皇的自由行动。

基督教世界的观念已经腐朽到不再有控制人的思想的权力了。

整个14世纪，罗马教皇在恢复它道德上的影响力上无所作为。

紧接着被选出的教皇是克雷蒙五世，他是法兰西人，由法王菲利普选定。

他从来没有到过罗马。

他把教廷设在亚维农镇，该镇虽然在法国境内，但那时不属于法国而属于教皇的教区。

此后，继任的几代教皇都住在这里，直到1377年格列高里十一回到罗马的梵蒂冈宫。