上海方面立即组织了以黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官的特别法庭，报请北京政府批准。

黄郛和王宠惠均为国民党人，伍廷芳是前南京临时政府司法总长，与孙文关系密切，所以这个所谓的特别法庭，实际上是国民党单方面的特别法庭。

宋教仁是国民党党首，哪怕是出于回避的考虑，此案也不能由国民党单方面进行审理，所以这样的特别法庭，北京政府自然不予同意。

司法部于十七日回电，否决了特别法庭的提议，命令由上海地方检察厅全权审理此案。

然而十八日这天，上海地方检察厅忽然接到程德全的命令，将武士英转押至关押应桂馨的六十一团兵营。

地方检察厅甚为不满，派人前去询问程德全，得到的回复是：&ldo;为组织特别法庭，故不得不与上海固有司法机关脱离关系也。

&rdo;此举等于是先斩后奏。

地方检察厅没有办法，武士英就此被押往六十一团兵营进行关押。

二十一日，程德全再次致电袁世凯，强调组织特别法庭的必要性。

袁世凯回电解释说，司法总长许世英一再力争，拒绝副署，所以他无法宣布该项命令。

许世英也在另一份回电中提出折衷方案，此案仍由上海地方检察厅负责，不过由伍廷芳暂署上海地方审判长进行审理。

国民党方面却不肯接受。

就在南北双方互不相让之时，此案的关键人物武士英却在六十一团兵营里离奇暴毙。

六十一团是由陈其美、黄郛等人组建的前沪军第二师第五团整编而来，团长陈其蔚与陈其美私交甚厚，可以说，六十一团是处于陈其美的绝对控制之下。

然而在看守如此严密的六十一团兵营里，武士英却在二十四日上午九点多钟突然死亡，事后查悉，他是吞下了火柴头而死。

上海地方检察厅原定于二十五日组织第一次预审，谁料到此案最为关键的人物武士英却在预审的前一天暴毙而亡。

武士英在法租界捕房拘留所关押时没有出问题，移交上海地方检察厅关押时也没有出问题，可交由六十一团兵营关押后却突然死亡，而且不偏不巧，正好死在地方检察厅第一次预审的前一天。

虽然六十一团方面给出的结论是武士英吞下火柴头畏罪自杀，但上海不少舆论却怀疑武士英是被人下毒，杀人灭口。

武士英一死，&ldo;刺宋案&rdo;就此变得扑朔迷离。

迷雾重重

从&ldo;刺宋案&rdo;发生，到武士英离奇死亡，前后共计一个月的时间。

在这一个月里，一件凶手被缉、证据确凿的并不复杂的刺杀案，却越审越乱，始终没有审出一个确切的结论。

虽然庭审没有得出确切结论，但国民党方面却抓住这段时间，通过真假难辨的舆论宣传，将&ldo;刺宋案&rdo;的幕后主使指向袁世凯。

袁世凯的确有刺杀宋教仁的动机。

宋教仁组建国民党，主张政党内阁，矛头直指袁世凯，袁世凯自然是知道的。

第一次国会选举结束后，选举的结果是国民党大获全胜，这对袁世凯无疑是一个沉重的打击，因为国民党若以合法手段取得政权，将会极大地限制他的总统权力。

为了收买宋教仁，袁世凯曾托人赠五十万元给宋教仁，但宋教仁却全数退回。

收买不成，继而采用极端的暗杀手段，将政坛劲敌除去，这在逻辑上是说得通的。

除了动机，袁世凯被怀疑为&ldo;刺宋案&rdo;的幕后主使，还有相关的实物证据。

应桂馨与洪述祖的往来电报从应桂馨的家里被搜出，也在上海电报局找到了底稿。

电报上的内容每一条都与刺杀宋教仁有关，而洪述祖则是内务部秘书，是国务总理赵秉钧的人，也即是袁世凯的人。

在应桂馨发给洪述祖的电报中，多处出现&ldo;乞转呈&rdo;&ldo;望转呈&rdo;等词，显然洪述祖不是此案的幕后主使，在他的背后还有人，而站在洪述祖背后的人，便是赵秉钧和袁世凯。

既有动机又有证据，上海各界舆论，自然把矛头直指袁世凯。

不过此案却有诸多显而易见的疑点。

譬如说，武士英刺杀宋教仁之后，为何不逃之夭夭，反而躲进应桂馨家里？他为何不扔掉行刺用的六响手枪，反而一直留在身边，甚至连剩余的三颗子弹都没有取出？应桂馨明知武士英是凶手，为何不将武士英送走，反而将武士英留在自己家里？他与洪述祖的往来电报，是证明他乃幕后凶手的唯一证据，为何不直接销毁，反而一直保留？举报第一条线索的六野旅馆的旅客，为何不向巡警总局或地方检察厅举报线索，反而直接向国民党方面举报？他在举报线索之后，为何不去领取各方悬赏的赏金，反而就此消失，没了踪影？

这些太过明显的疑点，让当时的舆论出现了另外一种截然相反的猜测，认为&ldo;刺宋案&rdo;的幕后主使绝非袁世凯。

应桂馨曾是陈其美的亲信，跟随陈其美多年，又替孙文做过事，换句话说，应桂馨长时间是革命党的人，袁世凯如果要刺杀宋教仁，岂会把如此秘密而重要的事交给应桂馨来做，另寻更为值得信任的杀手岂不是更好？&ldo;刺宋案&rdo;是在陈其美严密控制下的上海地界内发生的，袁世凯如果要刺杀宋教仁，为什么不等宋教仁去往北京的半路上下手？如果在去往北京的半路上动手，不仅更容易成功，而且得手之后，&ldo;刺宋案&rdo;的审理权因为案件发生地的缘故，便会落入北京政府的手中，而不是一直由国民党方面进行操控。