1925年10月，14省&ldo;讨贼&rdo;联军总司令吴佩孚整编直系各军，第十八混成旅扩编为第二十六师，于学忠被任命为该师师长。

1926年7月，北伐战争开始，北伐军向湖南进军，吴佩孚任命于学忠为长江上游副总司令，师部驻宜昌。

10月，北伐军攻克武昌，黔军王天培部归附北伐军，由湘境进攻湖北荆、沙地区，于学忠率部将王部逐出鄂境，收复公安、石首等地。

是年冬，于学忠被吴佩孚任命为联军第九军军长兼荆襄总司令，辖第七、第八、第十八师三个师，司令部驻谷城。

年底，于学忠驱逐盘踞河南新野、邓县的樊钟秀部，率部至河南邓县，1927年5月，吴佩孚携眷至于部暂住。

6月，吴佩孚赴川投靠杨森，于学忠亦解甲归田，返回蓬莱故里，所部第九军归冯玉祥统辖。

1927年7月，张作霖在北京就任安国军大元帅后，任命于学忠为镇威军第四方面军团第二十军军长，仍统率旧部。

9月晋升为陆军中将，12月授&ldo;捷威将军&rdo;名号。

1928年6月任东北长官司令公署军事参议官、临绥陆军司令，驻山海关。

1930年5月，中原大战爆发。

9月18日，张学良通电拥蒋，派于学忠即日率东北军第一军入关，于主张&ldo;一枪不放&rdo;，顺利进兵关内，9月26日入北平，被任命为平津卫戍司令。

1931年7月，张学良任命于学忠为&ldo;剿赤&rdo;军北路集团军第一集团军司令，督师保定，指挥平息石友三叛乱，石友三败逃山东。

九一八事变后，日本侵略者进逼华北。

于学忠向张学良建议集中几个旅的兵力，&ldo;给敌以打击，以挫其侵略气焰，并取谅于国人&rdo;。

1932年8月17日，国民政府任命于学忠为河北省政府主席，移师天津。

当时天津日租界日军常以大炮、坦克向我军挑衅，于学忠与日军针锋相对，在高级军事会议上说：&ldo;日本人有飞机大炮，你们手里拿的也非烧火棍，怕什么？只要日本鬼子敢动手，你们就给我狠狠地揍，出了事我于学忠负责！

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1933年3月，长城抗战开始，于学忠被任命为华北军第一集团总指挥兼第五十一军军长。

4月，张学良下野出洋，26万东北军分别由万福麟、王以哲、何柱国及于学忠指挥，其中归于指挥者达17万。

6月，于学忠兼天津市长。

1935年4月，国民政府任命于学忠为陆军二级上将。

6月，日军提出&ldo;觉书&rdo;要求罢免于学忠，并将五十一军撤出河北。

5月31日，国民政府命于学忠将河北省政府由天津迁保定，6月6日令免于学忠河北省主席职，调任川陕甘边区&ldo;剿匪&rdo;总司令，率部开赴西安（后驻天水）。

11月1日，于学忠被任命为甘肃省主席。