陕甘边区游击队总指挥部的建立，虽然有了编制序列和组织形式，但是很难对数十支游击队实行统一领导。

特别是由于&ldo;游击运动发展很快，不少游击队混进了坏人，组织严重不纯，屡次侵犯群众利益，遭到群众反对&rdo;。

游击队领导也出现过违犯群众纪律方面的问题，对游击队的军纪产生了消极影响。

四月，红二十六军党委决定，改组陕甘边游击队总指挥部，调整李妙斋的职务。

任命黄子文为总指挥，习仲勋为政委。

五月，李妙斋继黄子文再任总指挥。

新的指挥机构立即对二十多支游击队进行了政治上、组织上的彻底整顿。

习仲勋作为党在游击队中的代表，在整顿中发挥了有力的指导作用。

他们坚决地遣散了一批纪律涣散、成分不纯的人员，开展了阶级教育和纪律教育，建立起政治工作制度，有效地提高了游击队的政治、军事素质。

在游击队的带动下，群众武装工作也广泛开展起来，以贫苦农民和少年儿童为骨干的农民赤卫军和少年先锋队，在站岗放哨、肃特反霸、维护秩序、保卫斗争成果、配合红军和游击队作战中发挥了重要作用。

在环境险恶、物质匮乏的条件下，习仲勋为建设薛家寨更是呕心沥血。

薛家寨因为传说薛刚反唐时曾屯兵于此而得名。

这里石峰干仞，拔地而起，三面悬崖，人莫能攀。

仅西北角和土儿梁山岭相接，直通桥山主脉。

寨东为黑田峪，寨西是绣房沟，四周灌木丛生，十分隐蔽，登上悬崖吊桥，再过两道石门，内有天然石洞五孔，每孔可容纳数十人至二三百人住宿，是一个易守难攻的兵家要地。

习仲勋随陕甘边党政领导机关进驻薛家寨后，首先动员群众加固了前后哨门，构筑碉堡，增设火力网点;又在党家山、鸡儿架等处设立哨卡，周围布设地雷、滚石垒，挖掘战壕、暗道等防御工事。

他们还根据战争需要改造山寨，整修岩洞，储备粮食物资。

同时，在寨内设立了红军医院、被服厂、修械所、仓库和关押地主豪绅的临时监狱。

形成一个防守严密、补给较为充足的军事指挥中心和后方基地。

随着陕甘边区革命形势的发展，中共陕西省委认为这里的革命斗争，&ldo;已提到土地革命与建立苏维埃政权的阶段&rdo;。

三月十五日，陕西省委致信红二十六军，要求&ldo;立刻由农联、游击队、共产党、红二十六军代表共同组成边区革命委员会&rdo;，&ldo;彻底摧毁当地反革命的政府机关，组织苏维埃的政府机关，应该从当地群众及游击队中，选择可靠的党员和非党员来加强陕甘边苏区的革命委员会，来领导农民斗争，扑灭反革命的势力与夺取武装&rdo;。

四月五日，中共陕甘边特委在耀县照金土儿梁召开第一届工农兵代表大会，选举产生了陕甘边区革命委员会。

雇农周冬至当选为革命委员会主席，习仲勋为副主席。

革委会下设土地、粮食、肃反、经济委员。

此后，照金、香山、芋园、七界石、老爷岭、桃曲原、马栏川等区、乡、村革命委员会基层政权组织相继建立。

一大批有觉悟、有威信的农民成为红色政权的领导骨干，一套新的革命秩序逐步建立。

习仲勋和金理科、周冬至等陕甘边区负责人在建立苏维埃政权过程中，经常深入山寨，吃住在群众家中，访贫问苦，调查研究，进行组织发动工作，掀起了边区土地革命斗争高潮。