由于该处工作的特殊性，戴笠将其安排在重庆马鞍山独立办公，与军统局各大处分开活动。

处长魏大铭，是特务处时期的&ldo;老军统&rdo;，著名的电讯专家，同时主管规模庞大的军委会技术研究室。

五处，即司法处，下设审讯科和狱管科。

处长先后由徐业道、沈维翰、李希成等大特务担任。

六处，即人事处，由军统人事室扩充而成。

下设人事行政科、考铨科、福利科及卡片室。

处长由李肖白、龚仙舫等大特务担任。

七处，即经理处，由军统会计室扩充而成。

下设综计科、审计科、预算科、财务科及现金出纳股。

处长徐人骥是蒋介石&ldo;钦定&rdo;的，他是协助戴笠、郑介民筹建特务处的元老，又负有从财务上监视戴笠活动的任务，故戴笠非但不敢搬动他的位置，平时在工作中也要敬让三分。

八处，即总务处，由军统总务科扩充而成。

下设庶务科、管理科、交通科，并领导汽车大队、电话队、农场、官兵消费合作社。

处长沈醉，是军统最年轻的处级大特务，平时吃戴笠的&ldo;大菜&rdo;最多，同时又被戴笠称为军统的总务专家。

军统后期成立的还有训练处、警务处和布置处。

训练处由军统训练科扩充而成，任务是对军统的数十个训练班进行督训。

处长郑锡麟是&ldo;十人团&rdo;

成员，被称为军统的&ldo;训练专家&rdo;。

其后由军统老特务廖华平担任处长。

训练处同时主编军统内部发行的月刊《家风》，领导军统外围组织&ldo;抗日锄奸团&rdo;。

《家风》创刊于1938年5月，初名《半月时评》，这是戴笠用以控制军统内部思想的刊物。

&ldo;抗日锄奸团&rdo;原由华北等地的爱国青年学生自发组成，后被戴笠发现并掌握，因而逐渐改变性质。

警务处主管各地的警察机构与稽查机构。

布置处是军统成立的最后一个处，任务是布置对沦陷区的潜伏和策反工作。

处长马汉三，是一位野心极大的高级特务。

军统局内部比处略小一点的是各室和委员会等机构。

督察室的任务与特务处时期无大的区别，值得注意的是戴笠在军统局督察室内新增设了一个防奸股，专门监视在军统内部的中共叛徒，并防范中共派人打入军统活动。

该股手拿戴笠赐予的&ldo;尚方宝剑&rdo;，发现有嫌疑人物，有权先行扣押，再审讯调查。

特种政治问题研究室是特为张国焘而设的机构。