由于争功抢首级引起混乱，城防转弱。

太平军主力忽然蜂拥而至，清军来堵缺口时，另外一支太平军已经从水西门（三山门）越城而入，南京失陷。

钦差大臣陆建瀛从将军署往外跑，在一个叫十庙的地方被太平军捉住，未及求饶，就被当街砍头。

前广西巡抚邹鸣鹤、署布政使巡道涂文均、粮道陈克让、上元县知县刘同缨等人，均被太平军处决。

江宁将军祥厚、副都统霍隆武有血性，率少数清兵死守内城，危难时，尽驱兵士家属（多半是妇人）登陴拒守，与太平军相持两昼夜，最终众寡不敌，均被杀。

有老弱未死者数百人，都被太平军中的娃娃兵驱赶到城外河中淹死。

三万多满人，看似下场悲惨，不过，如果读过《扬州十日纪》的人，可能会对他们的遭遇有另外一种感受。

陆建瀛死讯传至北京，清廷认为他属于&ldo;死节&rdo;，想大加赠恤。

有御史上言，直斥他在恩长之役中见死不救，并说他遁还金陵后，又与将军祥厚不和睦，致使南京如此坚城12天被陷。

&ldo;其被杀于十庙地方，是已逃而终不能逃，非阵亡自尽者，不可同城亡与亡者（祥厚等）比。

&rdo;清廷认为有理，只赏还其总督一衔，算是对这个庸官的恩恤。

对于陆建瀛的贻误大局，当时就有人作诗讥评：&ldo;疆帅控上游，初议岂不壮。

舳舻亘千里，江皖赖保障。

前矛甫遇贼，一战总戎丧。

翩然乃退飞，踉啮弃兵仗。

匿迹归白门，吾民复何望。

城中十万户，湍决各奔放。

大府方闭阁，精嫌仍未忘。

&rdo;老陆此人，实无大略，乃当时&ldo;巧宦&rdo;的典型，只知曲投时好，俯仰浮沉，遭逢有事之秋，肯定没有好下场。

太平军靠&ldo;上帝&rdo;，陆建瀛自己信&ldo;霜神&rdo;。

初迎战时，他每每对士兵大言己军上方有裸身女神在督兵，骗人骗己，谁都不信。

回奔南京后，他又声称&ldo;观音大士&rdo;帮助守城，下令南京士民天天焚香礼拜，敬崇观音。

最后几天，老陆实在无计可施，派兵士扛无数神道纸人上城，吓唬城下太平军说有&ldo;众神天助&rdo;，使得城下的太平军笑声一片……所以，如此一个钦差大臣，只能以八字相赠：荒诞骗民，粉饰欺君。

南京陷落，不仅北京的清政府中枢震惊，全国震惊，全世界都感震惊，时任英国使华全权代表兼香港总督的文翰，就立刻向伦敦发去报告，分析南京被太平军攻陷之事对满清政府的影响：

如南京陷落一成事实，中国政府将受到自变乱发动以来所未曾有之严重打击。

所以者何？中国故都之地位，以及其在历史上之关系，在中国人心中如何重要，姑置不论；即以地势言，南京城在扬子江岸，大而且要，居帝国之中央，接近运河，实足以阻碍一切交通，切断米粮运往北京之路；今竟被强有力的大队武装叛徒所占据，此事诚未可忽视，尤不应随意加以掩饰。