原来，清国水兵的骚动引起附近居民的愤怒，居民中散居的浪人武士拿出刀剑棍棒围攻街内的水兵，也有住民在楼上向清兵扬泼沸水或投掷瓦片砖石，一时间乱斗现场双方人数急增至近千人之多。

乱斗在当地住民间引起恐慌，许多人携家财或扶老携幼逃离街町。

闻讯赶来的巡警立即参入混战，用刀剑警棍和清国水兵对战。

打斗中又陆续赶到外所的巡警，警方人数增加至30余人。

不久局面得以控制，数名水兵被逮捕，其余水兵逃进清国领事馆内。

当日恶斗结果1名巡警死亡，1名巡警重伤，居民多人负伤。

清国水兵1人死亡，16人负伤。

事件平息后，16日，2000余日本住民在清国领事馆前抗议示威，引起两国外交纠纷。

长崎事件的最终调查统计，日本巡警死亡2人，重轻伤26人。

清国水兵5人死亡，6人重伤，38人轻伤。

为表彰事件中坚持职守的警员，长崎官府向警部、巡警等32名当事人颁赏，赞扬他们在平息清国水兵骚乱中，为保护住民安全尽职尽力。

北洋水师寄岸长崎，李鸿章原本想利用这个机会，在日本民众面前展示定远、镇远巨舰，以此炫耀清国舰队的强大。

不想却发生水兵和当地人殴斗的事件，据提督丁汝昌的电报称，有数名水兵被杀伤，李鸿章闻知勃然大怒。

8月20日召见日本驻天津领事波多野章五郎，质问事件的情况。

以下是两人的谈话记录。

李鸿章：&ldo;近来有否收到贵国的来信？&rdo;

波多野：&ldo;最近什么信函也没有收到。

&rdo;

李：&ldo;前日我国军舰在贵国长崎寄港维修，带兵官来电报告，我国水兵和贵国巡警间发生打架事件，我国水兵死伤多人，此严重事态备受我国政府关注。

&rdo;

波多野：&ldo;这是什么时候发生的事情？因为何事引起打架？死伤多少人？&rdo;

李：&ldo;详细情况和原因尚不甚明了。

大概是本月16日（清阴历），少数清舰水兵上陆购物入浴时发生的事情。

在骚动中，我水兵死5人，伤41人，死伤合计46人。

贵国的巡警乱暴至极旁若无人，实在令人憎恶，那些巡警应该属于长崎县管辖的吧。

&rdo;

波多野：&ldo;是的，应该归长崎县管辖。

贵国的兵舰有几艘停泊在长崎？&rdo;

李：&ldo;有镇远、定远、威远、济远等数艘军舰。

倘若巡警归长崎县管辖，那么长崎县官衙岂不是对我大清国等闲视之吗？&rdo;

波多野：&ldo;上陆的水兵是否携带武器？水兵一般随身不离的割绳小刀，骚乱时应该是带在身上吧？&rdo;

李：&ldo;据电报所云，水兵上陆时，带兵官命令不准许带小刀上岸。

如果我水兵携带器械，就不会伤亡四十余人了。

贵国的巡警用日本刀，砍杀我手无寸铁的水兵，令我大清国愤怒之极。

为什么贵国长崎的警察见我清国人就如此憎恨？三四年前贵国巡警就杀害一名我清国人（明治十六年十月清国人在日吸食鸦片事件中遭杀害）。