盛世才在消灭张培元、马仲英等敌对势力之后，便着手恢复经济、改革行政，以巩固其独裁统治。

他先从恢复农牧业抓起，使农牧业得到恢复和发展。

他又着手整理财政，首先稳定公教人员的生活和情绪，其次是裁汰冗员，再次是财政改革，成立财政委员会，建立统一预决算制度。

此外，盛世才还下令禁鸦片、赌博、贪污等不良风气，吸收少数民族头领参加政府工作，各地小学一律官费，政府还资送各民族青年到苏联等国留学，学习先进科学技术。

盛世才的这些做法，迷惑了不少人，以为盛政府是个开明进步的政府。

然而，盛世才是个阴鸷且多疑的人，他靠&ldo;四&iddot;一二政变&rdo;之机被推举上台，之后，又逐一消灭异己，巩固了地位。

由于他对别人常持怀疑态度，总觉得别人背地做出不利于自己事，因此，他时时在提防和惩处他认为的危险分子，制造了一个又一个所谓&ldo;阴谋暴动案&rdo;，杀戮了数万人的性命。

1936年，新疆省银行行长宫振翰及盛世才的老友赵铁鸣，因平时对盛世才的独裁统治多有议论，盛世才便在非议省政罪名，将宫逮捕，将赵软禁。

1937年秋，盛世才感到省政府副主席和加尼牙孜及省府委员蒙古汗王满楚克扎布等人有碍他的政权及所定政策的执行，便制造了一起&ldo;阴谋暴动案&rdo;，将和加尼牙孜、满楚克扎布等几百人逮捕，将他们的财产全部没收。

1939年至1940年，盛世才经过精心策划，又制造了一起称之为&ldo;汪精卫系统的阴谋暴动案&rdo;，将爱国民主人士，新疆学院院长杜重远逮捕，由此牵连达数千人。

杜重远于1943年10月被盛世才派人毒死在狱中。

被捕的一大批人，有的被毒打致死，有的被毒死、绞死，有的被枪杀，有的遭长期监禁，成为新疆历史上最大的冤案、惨案之一。

1942年3月，盛世才又炮制了一起所谓&ldo;空前的带国际性的错综复杂案&rdo;。

盛世才四弟盛世骐，时为新疆机械化旅旅长，曾留学苏联，有才能且人缘关系较好，与盛世才有些政见不同。

盛世才深恐其弟对自己构成威胁，于1942年3月19日派人将他暗杀，然后嫁祸于人，将财政厅长臧登峰、教育厅长李一欧、民政厅长周彬、和田警备司令潘柏南、行政长卢毓麟、喀什行政长陈方伯、新疆日报社社长王宝乾、焉耆行政长于德一、塔城行政长赵剑峰、哈密行政长刘西屏、编译委员会长孟一鸣、财政监察委员会委员长王齐勋、军官学校参谋长郭德祺、机械化旅参谋长彭焕书、团长赵景棠等逮捕，并于4、5月间全部杀害。

接着，盛世才又利用盛世骐被暗杀案，栽赃为共产党所为，开始了反苏活动，并于9月17日将中共中央驻乌鲁木齐的八路军办事处负责人陈潭秋、毛泽民、林基路等逮捕，后于1943年9月杀害。

其余被的捕的一百多名共产党人，及家属一直到盛世才离开新疆后才获得释放。

盛世才在新疆大力开展反共反苏活动，公开表示归顺蒋介石，深得蒋介石的赏识。

1942年，他被蒋介石任命为第八战区副司令长官。

1943年7月，他又被任命为国民党新疆省党部主任委员等。

8月31日，宋美龄代表蒋介石飞抵新疆，对盛世才的归顺表示抚慰。