在抗日战争期间，粤军及其粤军将领也参加了这场伟大的战争。

如张发奎，曾出任第八集团军总司令、第四战区司令长官、第二方面军司令长官等；薛岳，曾出任第十九集团军总司令、第九战区司令长官等；余汉谋，曾出任第十二集团军总司令、第七战区司令长官等；黄琪翔，曾出任二十六集团军总司令、第十一集团军总司令、第六战区副司令长官、十国远征军副司令长官等；蒋光鼐，曾出任第四战区副司令长官、第七战区副司令长官等；蔡廷锴，曾出任第十六集团军总司令、粤桂边区总司令等；李汉魂，曾出任第三十五集团军总司令、第三战区副司令长官等。

而李汉魂，还从1939年元旦起，出任广东省政府主席兼民政厅长以及广东省保安司令，直至1945年8月由罗卓英继任省政府主席止，长达六年又八个月，主政广东期间，李汉魂能认真行使职权，经常巡视各地，对广东的政治、经济、文化教育等均有成绩。

到抗日战争结束时，国民政府发表的十六个受降主官中，就有粤籍张发奎（广州、香港、雷州半岛、海南岛地区）、余汉谋（曲江、潮汕地区）和薛岳（南昌、九江地区）三人。

抗日战争胜利后，张发奎出任军委会委员长广州行营主任兼广东绥靖公署主任，余汉谋、李汉魂等则被调离广东。

1947年9月，张发奎又被免职调京，由宋子文出任广东省主席兼绥靖公署主任。

宋子文邀请时任国防部次长的黄镇球赴粤任广州行营副主任兼广东警保处处长。

1948年4月，国民大会在南京召开。

张发奎与余汉谋、薛岳、香翰屏、李扬敬等粤系将领，支持孙科竞选副总统，结果失败。

辽沈、淮海战役之后，蒋介石被迫下野，张发奎、薛岳、余汉谋等乘机提出&ldo;粤人治粤&rdo;的口号，反对宋子文主粤（宋也是粤人，但他属蒋介石派系）。

宋子文被迫辞职。

1949年初，蒋介石下野前，任命余汉谋为广州绥靖公署主任，薛岳为广东省政府主席，张发奎则接任余汉谋的陆军总司令之职。

1949年2月，张发奎又接受薛岳、余汉谋的电请，回到广州。

他们以&ldo;团结大广东&rdo;、&ldo;继续第一师精神&rdo;为号召，大力收罗广东旧军政人员，扩编军队，企图将广东建成一个反蒋反共的基地。

当时，国民政府已迁往广州，张发奎还建议代总统李宗仁把蒋介石扣留，但计谋未成。

7月，张发奎得知蒋介石将来广州，便辞去陆军总司令职务，出走香港。

余汉谋、薛岳则继续部署兵力，企图阻人民解放军南下广东。

但解放军势如破竹，国民党军队节节溃败。

10月14日，广州被解放后，余汉谋集团往粤西逃走，中途大部被歼灭，残部退往海南岛。

李汉魂出走香港，后随李宗仁飞往美国。

黄镇球亦出走香港，后逃往台湾。

香翰屏、李扬敬等亦逃往香港。

薛岳、余汉谋则退往海南岛，分别出任海南防卫总司令和副总司令。

而陈济棠于1949年4月被国民政府任为琼崖行政长官，薛、余率部进入海南后，陈济棠则专管民政。

为阻止解放军解放海南，薛岳在全岛设立了三道防线，部署的兵力有十万之众，自称为&ldo;伯陵防线&rdo;（薛岳字伯陵）。