广东省长朱庆澜，因拥护孙中山，受到桂系的排挤，不得不去职，广东省议会乃于9月6日推举胡汉民为省长，但陈炳焜不同意，后终推李耀汉为广东省长。

11月间，陆荣廷指派莫荣新接替陈炳焜任广东督军。

莫荣新对孙中山及其军政府十分无礼，并指令部下捕杀孙中山大元帅府六十多人。

孙中山强烈要求严惩肇事者和向军政府谢罪，莫荣新置之不理。

1918年1月3日，孙中山密令海军、滇军等炮击观音山广东督军署，并令朱执信、陈炯明等响应举事。

孙中山炮击观音山，教训莫荣新，莫荣新也无可奈何，一时不敢还击。

随后派代表向孙中山求和，接着又亲赴大元帅府请罪。

护法军政府除了内部有分裂行为之外，还受到龙济光的进攻。

1917年11月8日，段祺瑞任命驻琼州的龙济光为两广巡阅使，令其出兵进攻护法军政府，龙济光受命后，立即率二万余人分三路进攻：李嘉品为第一路，段云源为第二路，马存发为第三路，分别从阳江登陆准备攻取广州，从雷州半岛登陆准备攻取南宁。

12月30日，莫荣新任命钦廉镇守使沈鸿英为讨龙军第一军司令，令其率所部在石城至化州一线阻击龙军；以原高雷镇守使林虎为讨龙军第二军司令，令其率警卫军在恩平方向迎敌。

1918年3月7日，莫荣新任命李烈钧为讨龙军总指挥，率部反攻。

3月16日，攻克恩平；3月25日，又攻占阳江；4月12日，占领电白，逼龙济光集主力在高州、化州、石城一带顽抗。

讨龙军分水、陆两路进击龙军，4月25日收复化州，4月27日攻克石城，4月28日拿下遂溪，龙济光进退失据，被迫弃军逃走。

讨龙战争成功。

龙济光后来跑到山东、安徽一带招募土匪，组成振武新军，准备重新攻粤，旋因部队哗变而未果。

1921年1月，被免去两广巡阅使职，列名将军府，授为隆威上将军。

1926年3月龙济光在北京死去。

广州护法军政府除了在南面受到龙济光的进攻之外，北面也受到北洋军的进攻。

1918年4月，东西督军陈光远遵照段祺瑞的指令，攻占南雄。

护法军政府陆军总长、靖国军第五军军长张开儒（云南巧家人），急调驻韶关等地兵力，增援南雄。

由于援兵立足未稳，被赣军击溃，南雄陷落。

莫荣新急调李根源为粤赣湘边防军务督办，率所部滇军从讨龙战场疾速北进。

5月初，李烈钧也奉命率讨龙部队增援北代，会同李根源整顿部队，分三路于6月3日发动全面进攻，激战四昼夜，逼使赣军向江西败退，靖国军克复南雄。

是役史称为南雄之战。

孙中山虽然是护法军政府的大元帅，但在滇桂军阀的排挤之下，当时毫无实权，他极想建立自己的一支陆军。

其时北洋军从福建进攻潮汕，广东告急。

孙中山派胡汉民游说桂系军阀，请拨出省长亲军中的二十营粤籍军队，由陈炯明率领&ldo;援闽&rdo;（征讨福建的北洋军阀）。

桂系军阀开始不准，后因潮梅镇守使莫擎宇投靠段祺瑞，宣布独立，形势危急，才勉强同意。